Байкальский государственный университет берет начало с Высшего Александро-Мариинского училища, основанного в 1894 году в Иркутске. На его базе в советское время, с началом реконструкции народного хозяйства и развитием восточных районов страны, решением Совета Народных Комиссаров СССР был образован Сибирский финансово-экономический институт.

В послевоенные годы, с началом широкомасштабного индустриального освоения Сибири, университет стал готовить высококвалифицированных специалистов финансово-экономического и инженерно-экономического профилей для всех базовых отраслей региона. В Забайкалье в 1958 году был открыт Читинский филиал университета.

За более чем столетнюю историю вуз вырос в мощный вертикально интегрированный межрегиональный учебно-научный комплекс, включающий в себя все ступени довузовской, вузовской и послевузовской подготовки: программы среднего профессионального образования, высшее образования (бакалавриат, специалитет, магистратуру), аспирантуру и докторантуру, обучение по программам Президента России и программам дополнительного профессионального образования.

Байкальский госуниверситет развивает академическую мобильность. Преподаватели и студенты имеют возможность языковых стажировок и практик в зарубежных вузах-партнерах в Германии, Китае, Монголии, Франции, Южной Корее, Японии. Студенты и аспиранты БГУ могут обучаться по международным программам европейских и азиатских университетов.